Хог хаягдлыг ангилан ялгахад олон улс оронд тулгардаг хэд хэдэн хүндрэл бэрхшээл байдаг. Зарим гол асуудлуудыг дурдвал:
Иргэдийн мэдлэг, боловсролын дутагдал: Хог хаягдлыг зөв ангилах талаар иргэдийн мэдээлэл, мэдлэг хангалтгүй байх нь нэг том асуудал юм. Зарим хүмүүс хог хаягдлын ангилал, түүнийг хэрхэн зөв хаях талаар ойлголтгүй байдаг. Тусламж үйлчилгээ, сургалт, сурталчилгааны дутагдалтай байвал энэ асуудал улам ихсэж болно.
Системийн хоорондын зохицуулалтгүй байдал: Олон оронд хог хаягдлын ангилал, тээвэрлэлт, дахин боловсруулах үйл явцыг хариуцсан байгууллагууд хоорондоо зохицоогүй байж болно. Үүнээс болж хог хаягдлыг зөв ангилах, боловсруулах, дахин ашиглахад саад болж, үр дүн багасдаг.
Хог хаягдлын төрөл олон: Хог хаягдлын төрөл маш олон, тухайлбал, хуванцар, шил, металл, био хог, цахилгаан электрон хог хаягдал, химийн хог гэх мэт. Зарим төрлийн хог хаягдлыг зөв ангилах нь илүү төвөгтэй болдог, мөн дахин боловсруулах боломж нь хязгаарлагдмал байдаг.
Хог хаягдлын хуримтлал, багтаамжийн асуудал: Зарим оронд хог хаягдлын багтаамж, хадгалах зориулалттай байгууламж дутагддаг. Түүнчлэн, хог хаягдлыг хадгалахад хэрэглэгчийн тээвэрлэх хүчин чадал болон хог хаягдлын хэмжээний асуудал гарч болно.
Хог хаягдлын дахин боловсруулалт, сэргээгдэлтэд хөрөнгө оруулалт, технологийн дутмаг байдал: Хог хаягдлыг дахин боловсруулахад шаардагдах дэвшилтэт технологи, хөрөнгө оруулалт, тоног төхөөрөмжийн дутагдалтай байх нь тулгарч буй асуудал юм. Үүний үр дүнд дахин боловсруулалт муу явж, хог хаягдлын ихэнх нь орчны бохирдол үүсгэдэг.
Зөв ангилах соёл, дадал суулгахад цаг хугацаа шаарддаг: Хог хаягдлыг ангилах шинэ дадал суулгах нь нийгэмд удаан хугацаагаар төлөвшүүлэх ажил юм. Тусгай хог хаягдлын сав, контейнерийн хүрэлцээ, хэрэглэгчийн дэмжлэгийн талаар анхаарах хэрэгтэй.
Глобал хэмжээний асуудал: Зарим улс орнуудад хог хаягдлыг ангилах систем зөвхөн тухайн улс орныхоо хэмжээний асуудал биш, олон улсын хэмжээнд хог хаягдлыг хүлээн авах, тээвэрлэх асуудал гарч ирдэг. Хог хаягдлыг хил дамжуулан тээвэрлэх, дахин боловсруулахад сөрөг нөлөө үзүүлэх асуудал байна.
Эдгээр хүндрэлүүдийг шийдвэрлэхийн тулд төр, засаг, хувийн хэвшил, иргэдийн оролцоо чухал бөгөөд бүх талын хамтын ажиллагаа шаардлагатай.
